İsmet İnönü’nün ısrarları sonucu kuvvetlerinin bir kısmını alarak Ankara’ya gelir. Ankara tren garında bizzat M. Kamal tarafından törenlerle karşılanır ve ricası üzerine Meclis’te kısa bir konuşma yapar. Konuşması mebuslar tarafından sık sık “Milli Kahraman” ve “Milletin Kurtuluş Umudu” nidaları ve alkışlarla kesilir.
Genelkurmay karargâhı olarak kullanılan Ziraat Mektebi’nde M. Kamal, İsmet ve Fevzi (Çakmak) ile bir toplantı yapar ve deyim yerindeyse onları küçük birer çocuk gibi azarlar. Kaman’dan Tokat’a kadar yayılan isyanı kanlı çarpışmaların sonunda bastırır. İsyanda ihmali olduğunu düşündüğü Ankara Valisi Yahya Galip Bey’in yargılanmak üzere Yozgat’a gönderilmesini Ankara Hükümeti’nden ister.
M. Kamal, valiyi görevden alır ancak Yozgat’a göndermemek için elinden geleni yapar. Bunun üzerine Ethem Bey, bir telgraf çeker. “Hakikat ve adalet üzerine bina etmek iddiasıyla kurmaya çalıştığınız yeni düzen daha şimdiden iltimas ve adam kayırıcılık yaparak büyük bir yara almıştır” mealindeki bu telgraf ile bazı şahısların düşmanlığını üzerine çeker.
Bunun üzerine Ethem Bey’in yakın silah arkadaşları silahsızlandırılıp itibarsızlaştırılır. Askerî gücü kırılmaya çalışılır. Eskişehir’de çıkardığı gazetenin matbaasına hileyle el konulur. Sovyetlerin desteğini almak için kurulan mensubu olduğu Yeşil Ordu Cemiyeti kapatılır.
Bu arada sağlığı bozulduğu için tedavi olmak üzere Ankara’ya gelir. Buradan İstanbul Hükümeti’nin temsilcileriyle görüşmelere katılması için kendisiyle birlikte Bilecik’e gelmesi hususunda ısrar eden M. Kamal’ı kırmaz hatta sedyeyle trene bindirilir. Tren Eskişehir’de mola verdiğinde Bilecik’te Topal Osman ve adamları tarafından suikasta uğrayacağı istihbaratını alır. Bu nedenle korumalarla Kütahya’daki karargâhına geçer.
Ancak bu durum isyan olarak değerlendirilecektir. Üzerine bir ordu gönderildiğini haber alan Ethem Bey, Meclis’e “Millet fakr u sefalet içinde türlü fedakârlıklarla bir hürriyet savaşı verirken, sizler maaşlarınızı arttırmaktan başka ne yaptınız?” mealinde sert bir telgraf çeker. Telgrafı kürsüden okuyan M. Kamal, “Bu zat ve biraderlerinin ihanet içinde olduklarını reylerinize sunuyorum” mealinde bir konuşma yaparak oylama ister. Ethem Bey ve ağabeyleri 2 oy farkla “Hain” ilan edilirler. Üzerine üç koldan saldırı başlatılan Kuva-i Milliye Kahramanı Ethem Bey, o andan itibaren Çerkez Ethem olarak anılmaya başlanır.
Birliklerini terhis ettiğini ilan eden Ethem Bey askerlerine istediklerini yapmakta özgür olduklarını bildirir; kendisi de Manyas yöresine çekilir. Amacı hastalığını tedavi ettirmek için Avrupa’ya geçmektir. Ancak yaklaşık bir ay sonra Yunan askerleri tarafından izi bulunur; yaptığı görüşmeler sonucu Avrupa’ya gidebilmek üzere bir geçiş yolu açılması karşılığında teslim olur. Bu arada ordu Yunanlıların peşini bırakmıştır. Yunanlılar fırsatı iyi değerlendirir Eskişehir ve Kütahya’yı ele geçirerek Ankara önlerine kadar ulaşacaktır.
Kısa bir süre İzmir’de tutulduktan sonra Atina üzerinden Viyana’ya geçer. Tedavi olduktan sonra da Ürdün’e giden ve 150’likler diye adlandırılan gruba dâhil edilen Ethem Bey; 1938 yılında çıkarılan affa rağmen adil yargılanma hakkı verilmediği sürece affedilmeyi kabul etmeyeceğini söyleyerek geri dönmemiş, hayata gözlerini yumduğu 1948 yılına kadar tek odalı kerpiç bir binada tek başına yaşamıştır.
Ethem Bey’in ağabeyi Reşit Bey’in kızı mimar ve yazar Güner Kuban’ın, Meclis Dilekçe Komisyonu’na başvurarak, belli çevrelerce “hain” olmakla suçlanan amcası için iade-i itibar talebinde bulunması pek bilinmeyen tarihi bir gerçeğin ortaya çıkmasına yol açmıştır.
Meclis Dilekçe Komisyonu, Kuban’ın başvurusu üzerine ilgili bakanlıklara yazı yazarak Ethem Bey’le ilgili bilgi ve belge istemiş, Komisyon, bakanlıklardan aldığı bilgiler doğrultusunda Kuban’ın dilekçesine, “Ethem Bey’le ilgili itibarını kaldıran veya zedeleyen resmi bir karar bulunmadığı anlaşılmıştır” cevabını vermiştir.
06.01.2016 Tarihinde verilen cevapta, Adalet Bakanlığı ve İçişleri Bakanlığı’nın bilgileri doğrultusunda Meclis Dilekçe Komisyonu’nun bu açıklamasını değerlendiren Kuban, “Dilekçemize cevap geldiği zaman gündem yoğunluğundan dolayı açıklamadık. Ama malum Türkiye’nin gündemi durulmuyor. Bundan dolayı daha fazla beklemeden bu tarihi kararı ilan etmek istedim” demiştir.
Bu çok önemli bir açıklamadır. “Yaşam Boyu Onur Ödülü” alan Kuban, “Ethem Bey haindir” karalamasının sadece ailesine yönelik olmadığını vurgulamıştır. Bu karalamanın bütün kahraman Çerkes milletine yapıldığını ve İstiklal Savaşı’nda Çerkeslerin büyük mücadele verdikleri ifade edilmiştir.
