Türk Boğazlarında can, mal, çevre ve seyir emniyetini sağlamak amacıyla hazırlanan Boğazlar Tüzüğü, 1994 Temmuz ayında yürürlüğe girmiştir. Böylece gemilerin Türk Boğazlarından geçişlerinde seyir güvenliği kaptan sorumluluğundan büyük ölçüde alınarak emniyetli bir şekilde geçiş sağlanmıştır.
Boğazlardan geçiş ile ilgili düzenlemeler dünyanın bir çok noktasında olduğu gibi kurallara bağlanmıştır. Ayrıca gemilere belirli şeritleri izlemek yükümlülüğü verilmiştir. Elbette bu işlemler yapılırken denizcilik kuralları lehimize olacak şekilde gündeme getirilmiştir.
Nitekim “Denizde Çarpışmayı Önleme Tüzüğü” (COLREG) 10. kuralı uyarınca, gemilerin geçişlerinde uymakla yükümlü olacakları trafik ayırım şemalarının (Traffıc Separation Schemes-TSS) seyir ve çevre güvenliğinin sağlanması amacıyla Boğazlarda da tesis edilmiştir. Bu kural Türkiye'nin önerisi üzerine, 1995 yılında Uluslararası Denizcilik Örgütü (IMO) 9. Genel Kurul Toplantısı'nda onaylanmış ve kabul görmüştür.
Trafik ayrım şemalarına ilave olarak tüm üye ülkelerin benimsemiş olduğu "Kural ve Tavsiyeler" kısmında, Türkiye'nin büyük gemilerin Boğazlardan geçişi sırasında, seyir güvenliğinin sağlanması amacıyla, çift yönlü trafiği askıya alarak, tek yönlü trafik uygulayabileceği belirtilmiştir. Bu sayede Marmaray çalışmaları için İstanbul Boğazı tek taraflı olarak seyre açılmış ve iki yönlü geçiş yasaklanmıştır. Bu sayede bahse konu kural halen uygulanmakta olup Türkiye’nin egemenlik hakları daha da pekiştirilmiştir.
1994 Tüzüğü dört yıllık uygulamasından edinilen deneyimler ışığında, 1998 yılında gözden geçirilmiş ve yeni tüzük 6 Kasım 1998 tarihinde yürürlüğe girmiştir. Rusya’nın karşı çıkmasına rağmen tüzüğün yürürlüğe girdiği 1994 yılından itibaren Boğazlarda meydana gelen kazaların sayısının önemli ölçüde azalması, bu uygulamanın başarısını ve gerekliliğini açıkça ortaya koymuştur.
Rusya,siyasi ve ekonomik nedenlerle, Uluslararası Denizcilik Örgütü'nde aldığımız önlemlerin Montrö Sözleşmesi'ne, uluslararası denizcilik kurallarına aykırı olduğunu ileri sürerek, değiştirilmesini hedefleyen yoğun bir kampanya başlatmıştır. Fakat başarılı olamamıştır. Keza Kanal İstanbul sayesinde Türkiye’nin güvenlik nedeniyle öne süreceği gerekçelere diğer ülkelerin karşı çıkması engellenecektir. Çünkü alternatif güvenli bir geçiş yolu olduğu sürece buna karşı çıkmak mümkün değildir.
Türk Boğazlarındaki gemi geçişlerinin belirli kurallara ve bir disipline bağlanması, elbette Türkiye’nin güçlenmesini istemeyen ülkeler tarafından hoş karşılanmamıştır. Fakat ciddi emek ve çaba sonunda 15 milyon insanın yaşadığı bir şehir için kimsenin çok da fazla itiraz etme hakkı yoktur. Can güvenliği ve çevre hassasiyeti önümüze konulan bir çok engeli kolayca aşmamıza neden olmaktadır.
Rusya ve bazı ülkeler başlangıçta karşı çıkmış iseler de uluslar arası toplumun ve denizci dünyasının desteği sayesinde kolayca aşılmıştır. Dört yıla yakın bir süre devam eden bu çaba ve girişimler, Uluslararası Denizcilik Örgütü'nün (IMO) Deniz Güvenliği Komitesi'nin (MSC) 1999 Mayıs ayında yapılan 71. Dönem Toplantısında alınan karar çerçevesinde sonuçsuz kalmıştır.
MSC-71'de bazı ülkelerin itirazlarına rağmen alınan kararda, Türk Boğazları'nda uygulanan trafik sisteminin seyir güvenliğinin güçlendirilmesinde "etkin ve başarılı" olduğu tescil edilmiştir.