Ethem Bey’den yardım isteği üzerine bu kahraman asker Yunan saldırılarına ara vermek zorunda kalınmıştı. Birinci ve İkinci Anzavur isyanları ile Bolu, Düzce ve Gerede’de ortaya çıkan isyanları bastırma başarısını göstermiştir.
Daha sonra Ankara’daki Meclis Hükümetinin üzerine yürüyen Kuva-yı İnzibatiye kuvvetlerini yenilgiye uğratma başarısını gösteren Ethem Bey; bu isyancıları İstanbul kapılarına kadar kovalayarak daha sonra bu bölgede yeni bir isyan çıkmasının önüne geçmiştir.
Meclis Başkanının ısrarı sonucunda Yunan Askerlerine karşı savaşan kuvvetlerinin bir kısmını alarak Ankara’ya gelmiştir. Ankara tren garında bizzat Meclis Başkanı ve Hükümet Üyeleri tarafından törenlerle karşılanır. Yapılan ısrarlı talepler üzerine Meclis’te kısa bir konuşma yapar. Konuşması mebuslar tarafından sık sık “Milli Kahraman” ve “Milletin Umudu” nidaları ve alkışlarları ile kesilir.
Genelkurmay karargâhı olarak kullanılan Ziraat Mektebi’nde Milli Mücadele esnasında gösterilen ihmal ve başarısızlıklardan dolayı bir çok komutan ile toplantı yapar. Toplantıda alınan tedbirlerin yetersizliği ve yapılan yanlışlıklardan dolayı deyim yerindeyse komutanları küçük birer çocuk gibi azarlar. Bu sert sözler nedeniyle savaşın en sıkışık zamanında bu komutanların kendisini arkadan vurmasına bir zemin hazırlanmıştır.
Yeniden Yunan savaşına döndüğünde ise bu sefer Kaman’dan Tokat’a kadar yayılan “Yozgat İsyanı” başlamıştır. Süvari kuvvetleri ile bir doğuda bir batıda çok zorlu savaşlar veren Ethem Bey çaresiz olarak en seçkin askerlerini yanına alarak bu isyanı da bastırmak için yollara koyulur.
Yozgat İsyanı kanlı çarpışmaların sonunda bastırılır. Fakat çok kayıp verilmiştir. Bu isyanda ihmali olduğunu düşündüğü Vali Yahya Galip Bey’in yargılanmak üzere Yozgat’a gönderilmesini Meclis Hükümeti’nden ister.
Hükümet valiyi görevden alır ancak Yozgat’a göndermemek için elinden her türlü engeli de çıkarır. Bunun üzerine Ethem Bey, bir telgraf çekerek:
“Hakikat ve adalet üzerine bina etmek iddiasıyla kurmaya çalıştığınız yeni düzen daha şimdiden iltimas ve adam kayırıcılık yaparak büyük bir yara almıştır” diyerek Meclis Hükümetine uyarılarda bulunmuştur.
Ne yazık ki yapmış olduğu bu iyi niyetli girişimler tam tersi bir sonuç doğurmuştur. Bu arada Ethem Bey’in başarıdan başarıya koşması siyasi rakipleri arasında her geçen gün artan bir kıskançlığa yol açmıştır. 1877-1878 Rus Harbinde Gazi Osman Paşa’ya karşı gerçekleştirilen kumpas ve hainliklerin bir benzeri bu sefer Ethem Bey’e karşı uygulanır. On binlerce Rus askerini öldüren Paşa, bir türlü ikmal desteği alamamıştır. Baş rolde yine Sabetaycılar yer almaktadır.
Pervasız ve mert karakterinden dolayı kıskanç komutanlar tarafından Ethem Bey ve ona yakın silah arkadaşları itibarsızlaştırılmaya başlanır. Düzenli ordu kuruluyor bahanesi ile kardeşleri de kullanılarak silahlı kuvvetlerdeki gücü kırılmaya çalışılır.
Örneğin bir kısım askerî birliği silahsızlandırılır. Eskişehir’de çıkardığı gazetenin matbaasına el konulur. Yunan işgalcilerine karşı büyük mücadele veren mensubu olduğu Yeşil Ordu Cemiyeti kapatılır.
